臺南市崇明國中國樂團成立於民國89年，是臺南市最早成立的國樂班，從早年的實驗班一路到現今的藝術才能班，不斷成長的歷程可說是學校的驕傲與榮耀。成立十幾年來，每年皆代表臺南市參加全國學生音樂比賽，獲得特優無數。108年3月更在全國學生音樂比賽決賽完成八連霸的使命，可謂難能可貴。同時，每年個人賽項目亦獲獎無數，足以促進台南地區的音樂風氣。本校國樂團在歷任校長的支持與推廣之下，除了成就國樂團的實力，也奠下崇明優良校園文化的基石，成為臺南市最優質的學園。
成就的背後，是辛苦的耕耘。國樂團在榮譽顧問倪永震教授及音樂總監、總指揮杜潔明老師帶領之下，多年來培育無數優秀音樂人才，除了音樂比賽之外，也時常在府城各項藝文活動中擔綱演出。國樂團對於推廣傳統音樂不遺餘力，每年在臺南文化中心舉辦的傳統教育音樂演奏會座無虛席，演出實力備受肯定，足以登上國際舞台。
近年來國樂班發展了多元的特色課程，校內藝術領域教師針對國樂班開發了系列的跨領域課程從皮影戲到音樂劇；還有與英文、國文的跨領域課程，得到許多的肯定，更成為教育部跨領域美感教育實驗課程的種子學校和臺南大學中等教育階段藝術領域教學研究中心合作學校。
崇明國中具有一貫的優良學風以及行政文化，鼓勵學生發現自我、挑戰自我、超越自我。國樂團在所有行政人員及老師、家長共同努力之下不斷成長與茁壯，也期望讓更多人感受傳統音樂之美。