本校肇始於日治時期日人子弟就讀的「尋常小學校」。光復之後，民國三十五年九月一日政府在此設立「新竹縣立竹南初級中學」，民國三十九年苗栗設縣，乃改名為「苗栗縣立竹南初級中學」。是以本校沿革至今，凡有百年以上之歷史。
經過歷任校長的努力，不斷積極擴充設備，興建科學館、大禮堂、化雨樓等。除此之外，歷任校長、全校教師對於課程改革之實驗，生活教育之推行不遺餘力與犧牲奉獻，培育不少社會菁英、國家棟樑。
民國八十九年魏早炯校長任期內積極倡導強調人權法治教育，遷建校門至中正路，改建圍牆，興建明德大樓，建立優質的學習環境，以健全學生人格。
民國九十六年胡玉燕校長任期內推動有效閱讀，著重人文素質的培養。
民國一OO年胡文生校長任期內，加強走動管理，積極爭取校舍改建，中棟教室於民國一O五年十月落成，忠孝樓於民國一O七年一月落成完工。
民國一O七年郭芳江校長就任，適逢十二年國教推動之際，郭校長積極帶領全校教師，從課程發展到教學轉變，建立「翻閱竹南 跨越國際~竹南與世界的邂逅」的課程願景，透過完整的課程規劃，讓本校的孩子能夠立足竹南放眼國際。另本校行政大樓暨化雨樓拆除重建工程，於109年完工落成，並於109年經教育部核定成立竹南科技及自造教育中心及社區共讀站揭牌啟用，本校完善全校校舍建置及相關設施設備，將提供更加優質的教育環境，提升本校學生競爭力。