民國五十一年仲夏成立籌備委員會，由縣政府與地方紳士們，聯合發動募捐，在現址南投市漳和里祖祠路購山坡地一、三甲餘。五十一年冬完成興建教室招收新生。民國五十三年四月四日奉准獨立為「南投縣立南投初級中學」。五十六年全國實施九年國民教育，本校易名為「南投縣立南投國民中學」，以迄於今。
本校現有美術班三班、體育班三班、技藝專班一班、普通班十八班及補校三班。
期間九二一大地震，教室毀壞，獲聯合報、中視、中廣認養經費一億餘元，慈濟功德會參與規劃設計發包興建，於九十一年四月十一日頒入新校區。九十一年十二月十二日舉辦『揮別九二一歡喜慶落成，校園重建落成感恩活動』完成重建。開放式教育的學校建築與設備，及軟體方面積極提升，繼續肩負教育學子達五育均衡發展的教學目標。