普通型

澎湖四面環海，海洋資源孕育了澎湖人冒險犯難、耿直樸實的個性，而純樸的生活環境，造就了澎湖豐富且熱情的人情味，在這樣的離島環境中，馬公高中自日治時期以來，肩負澎湖的教育重擔，秉承傳統，接軌現代，開創未來，凝聚親師生共識，以澎湖特色建立「海洋立校、多元展能、公民實踐」新願景，培育馬公高中學生具有「立足澎湖、閱讀台灣、放眼世界、行腳天下」之器度與勇氣，成為一個優質的世界公民。
「海洋立校」，海洋資源為本校最具特色之指標，為培養學子親海、愛海的學習環境，以及充分認識海洋議題，進一步發展策略行動，讓海洋資源永續發展；「多元展能」，在強調多元智能發展的今日，以及學生適性發展的需求，本校強調學子應多元發展，成就每一個孩子；「公民實踐」，除學科知識以及各種操作能力外，回饋社會為學習的最後宗旨，為環境而行動，為行動而實踐。

特殊教育及特殊類型

本校自1992年8月成立美術班，至112年已有29屆畢業生；1997年成立第一屆音樂班，至112年已有24屆畢業生；2018年成立第一屆舞蹈班，至112年已有24屆畢業生，主要招收澎湖縣國中畢業之藝術才能資賦優異學生，目的為銜接澎湖縣立馬公國民中學之藝才班課程，為本縣培育藝術專業人才。 藝才班每班皆安排適合的學科或術科導師，加強其生活常規、班級管理及學科方面的輔導，並輔以術科之訓練，定期安排學生舉辦班級實習音樂會/美展/舞蹈演出及畢業成果展。 藝才班學生歷年來參加澎湖縣藝術類比賽、全國學生藝術比賽個人/團體組，皆有優異的成績。