澎湖縣立馬公國中，最初是「澎湖縣立初級中學」。民國 48 年設校於東衛里， 52 年遷入光武營區， 54 年二月才在現址設校，並在民國 57 年改制為「澎湖縣立馬公國民中學」，且於
63 年成立附設補校， 87 年文光國中成立之後，教職員工與學生數逐年減少至現在的規模。
回顧本校自創校四十年來，己為澎湖地區培育了無數人才，雖然如今規模較小，但互動競爭的結果，促使本校師生更加奮發振作。因此近年來，本校師生的對外比賽及升學成績，大都名列前茅，一枝獨秀。
現任校長黃銘廣自一百零八年年八月接掌本校，即旰食宵衣，夙夜憂勤。在硬體設備上除增添停車場、足球、手球、羽球、棒球場及桌球室、閱覽室外，更整修育館、籃球場、操場跑道水溝蓋；尤其老舊校舍的更新，更是浩大工程。目前除第一、二期己經完工外，第三、四期工程也於一百零二年八月完工，同年十一月也完成操場 pu 跑道的整工程，本校將擁有宏偉的校門、嶄新的圖書館、現代化的藝術人文表演場、美術館、體育館、家政館、工藝館、以及最新式的教室、廣闊的操場、美麗的花圃。
在軟體工作上除致力推動十二年國民教育課程外，更建了完整的網路系統，成立了班親會，引進了鼓舞、紙風車劇團、藝文展演，以及多層面的研習活動。參年來，我們可以清楚的發現，本校正朝著多元、創新、齊奮進的目標邁進。教育是承先啟後、繼往開來的百年大業，前人種樹、後人乘涼。但願我全體師生體念前人艱辛，戮力同心，磨礪以須，在既有的基礎上精進圖強，恢弘壯大。