馬公國小音樂班創立於1990年，術科課程敦聘專業師資指導，為本縣培育『音樂與表演』人才的藝術搖籃。學生甄試入學必修鋼琴，輔以樂理、音樂常識、視唱、聽音、欣賞、合奏、及合唱表演劇場、肢體開發、律動、創作能力等課程，選修管樂、絃樂、兒童聲樂、國樂、打擊樂、木笛等項目，達成術科學習的完整性，讓喜歡音樂與表演的小朋友，奠定良好學習基礎，得以有多元興趣的發展機會。
音樂班常任本縣重要節慶典禮、參訪迎賓演出，更常與知名藝術團隊聯合表演。除了是澎湖縣第一支管絃樂團啟蒙搖籃，更曾赴美國、上海、澳洲、福州、泉州、廈門參訪演出，擔任藝術交流小天使；音樂班合唱團生動結合音樂與律動，詮釋樂曲的風格獨特，重視舞台生命力與創造力呈現，多次在全國音樂比賽榮獲第一名。
近年來結合聲樂、器樂與表演所推動的「兒童音樂劇場」、「英語劇場選粹」，兼備本土特色和世界接軌的舞台展演欣賞，不但培養出許多全方位音樂表演人才，更累積豐富經驗研發創作本縣藝術特色的文化資產，「澎湖縣五鄉一市兒童音樂劇」作品屢獲教育部、文建會、國藝會等諸多獎勵，100年起教育部音樂資優教學團隊更以『澎湖褒歌』結合「澎湖意象」和「澎湖涼傘」藝術特色，研發編創【澎湖褒歌合唱劇場】，表現深獲國內、外專家學者及各縣市藝術教學團隊的肯定。
現今已邁入第33年的音樂班，畢業生陸續學成返鄉，投入推動本縣音樂工作的行列，為本地培育更多優秀人才，也使後繼學子受益良多。

馬公國小舞蹈班成立於2007年，開啟澎湖縣國小舞蹈藝術才能教育之路。
澎湖學子雖宥於地理位置的偏遠與孤立，表演藝術類文化刺激不足，透過舞蹈班系統性的舞蹈課程的教學，循序漸進擴展藝術學習經驗，增強舞蹈班學子的藝術氣息與展演創作能力，引導與陪伴澎湖學子拓展藝文視界。
馬公國小舞蹈班依循著學校願景「創意、活力、關懷、永續」，重視團體生活，培養互助合作的精神，共享榮耀。均衡學術科學習，從自我的成長歷練與團隊動力的結合，展現多姿多采的創作思考能力。
近年積極將舞蹈課融入學校特色課程，藉由澎湖在地文化與環境特色，進行跨領域與多元文化之學習，期盼孕育出具有感受力、表現力、學習力與恢弘視野、心胸開闊的藝術種子。